1、计税方法不同
一般纳税人原则上采用一般计税方法（提供公共交通运输服务等特定应税行为的一般纳税人也可选择简易计税方法）。
2、税率与征收率不同
一般纳税人适用增值税税率（简易计税的除外），目前增值税税率包括13%、9%、6%，0。
小规模纳税人适用增值税征收率，目前增值税征收率包括5%、3%。
3、纳税申报期不同
一般纳税人缴纳增值税，原则上实行以月为纳税期申报纳税。
小规模纳税人缴纳增值税，原则上实行以季度为纳税期申报纳税。
4、增值税发票使用不同
一般纳税人可以开具和取得增值税专用发票。除部分特定行业的小规模纳税人可以选择自行开具专用发票外，大部分小规模纳税人不能自开专用发票，如果需要开具专用发票可以到税务机关申请代开。
5、抵扣进项税额的区别
一般纳税人：
购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产支付或者负担的增值税额可以作为当期进项税额按规定进行抵扣;
应纳税额=当期销项税额－当期进项税额。
小规模纳税人：
购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产，即使取得了增值税专用发票也不能抵扣;
应纳税额=销售额×征收率
需要注意的三点：
1、合理选择一般纳税人与小规模纳税人
新办纳税人在从事生产经营时，可以根据预计未来12个月的生产经营规模或实际生产经营的需要，选择办理一般纳税人登记手续或者在销售额超过标准前先按小规模纳税人纳税。
根据18号公告第三条规定，年应税销售额超过规定标准的纳税人，符合有关政策规定选择按小规模纳税人纳税的，应当向主管税务机关提交书面说明。
上述“规定标准”包括《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》和财政部、国家税务总局在“营改增”试点中规定的销售额标准。一般来说，是指工业企业年销售额在50万元以上、商业企业年销售额在80万元以上、现代服务业等“营改增”纳税人年销售额在500万元以上。
上述“有关政策规定”主要指两类情形，一是《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第二十九条规定，个体工商户以外的其他个人必须按小规模纳税人纳税，“非企业性单位”和“不经常发生应税行为的企业”可选择按小规模纳税人纳税；二是根据《营业税改征增值税试点实施办法》（财税【2013】106号）第三条规定，应税服务年销售额超过规定标准但不经常提供应税服务的单位和个体工商户可选择按照小规模纳税人纳税。
2、连续12个月营业额变化要关注身份转换
如果纳税人开始是小规模纳税人，随着市场的开拓，就要关注连续12个月的销售额是否会达到上述销售额的标准。如果预计下个月起，连续12个月的销售额可能达到规定的销售额标准，应及时办理增值税一般纳税人相关手续。
税法规定，纳税人年应税销售额超过规定标准应办理一般纳税人资格登记手续而未办理的，经税务机关下达税务事项通知书后，逾期仍不办理的，将按销售额依照增值税适用税率计算应纳税额，不得抵扣进项税额，也不得使用增值税专用发票。
3、准确核算增值税应纳税额
纳税人为小规模纳税人时，每个月对含税销售额根据3%的征收率计算“应交税费——应交增值税”即可。但如果转换为一般纳税人，就发生了三个方面的变化：
一是从使用普通发票变为增值税专用发票，开具发票时需要价税分离；
二是使用的“会计科目”发生重大变化，从“应交税费——应交增值税”二级核算到“应交税费——应交增值税”的三级明细核算，涉及进项税额、销项税额、进项税额转出、转出未交增值税等；
三是纳税人从采购货物到接受服务，都要有索取增值税专用发票的意识，取得增值税专用发票作为抵扣的凭证。
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